Balai Pemasyarakatan (Bapas) Kelas II Merauke merupakan salah satu kantor Balai Pemasyarakatan yang bernaung dan bertanggung jawab di bawah Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia dan berada di wilayah kerja Divisi Pemasyarakatan pada Kantor Wilayah Papua. Bapas Kelas II Merauke berlokasi di Jalan Ermasu No.18A, Kelurahan Maro, Kabupaten Merauke. Bapas Kelas II Merauke dibentuk berdasarkan Keputusan Menteri Kehakiman dan HAM RI No.M.07.PR.07.03 Th 2003 Tertanggal 16 April 2003 tentang Pembentukan Balai Pemasyarakatan bersamaan dengan pembentukan bapas lainnya di Sibolga, Bukit Tinggi, Tanjung Pinang, Lahat, Muara Bungo, Metro, Wonosari, Muara Tiweh, Palopo, Bau-Bau, Karang Asem, Sumbawa Besar, Sorong, Merauke, Waikabubak, Pangkal Pinang, Serang dan Gorontalo, dan mulai operasional tahun 2004.
.
.
Secara umum berdasarkan Undang-Undang Nomor 11 Tahun 2012 tentang Sistem Peradilan Pidana Anak mengamanatkan bahwa Balai Pemasyarakatan adalah unit pelaksana teknis pemasyarakatan yang menjalankan tugas dan fungsi penelitian kemasyarakatan (litmas), pembimbingan, pengawasan, dan pendampingan untuk anak yang berhadapan dengan hukum.
.
.
Struktur organisasi di Bapas Kelas II Merauke terdiri dari 2 (dua) Subseksi dan 1 (satu) Urusan Tata Usaha. Subseksi terdiri dari Subseksi Bimbingan Klien Anak (BKA) dan Subseksi Bimbingan Klien Dewasa (BKD)